電泳根據分子的大小，電荷或其他特性沿梯度將其分離。該梯度可以是電場，或者在變性梯度凝膠電泳（DGGE）的情況下，可以是變性劑，例如尿素和甲酰胺的混合物。如果帶負電荷，蛋白質將向陽極遷移，如果帶正電荷，則蛋白質將向陰極遷移。由于大分子的遷移要比小分子慢，因此科學家可以測量行進的距離并使用對數確定碎片的大小。  

緩沖區的作用  

在電泳基于電荷分離的情況下，緩沖液中的離子會傳輸分離所需的電荷。通過提供弱酸和弱堿的緩沖液，緩沖液還將pH值保持在狹窄的范圍內。這很重要，因為蛋白質或核酸的結構和電荷在pH發生明顯變化時會發生變化，從而阻止了正確的分離。